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生態工程將水體復合生態系統作為一個整體。不僅考慮某一方面、項目或措施的簡單結果，應按社會、經濟、自然的具體條件，顧及前因后果的連鎖反應，上游與下游的物質（原料、產品和廢物等）、能量、信息等的輸入、遷移、轉化、輸出等流動和循環途徑和量，將多項目、多種技術、多種措施、多個環節有機組合與優化，協調系統中各環節間的定性和定量的合理關系，聯結成相互聯系，互利共生的系統，發揮整體功能。 因類、因地制宜地根據具體水體復合生態系統的主次功能和問題，統一規劃，統籌兼顧。通過生態設計、生態工程與生態管理，將單一的生物環節、物理環節、經濟環節和社會環節組裝成一個有強生命力的生命系統，調節系統的主導性與多樣性，開放性與自主性，靈活性與穩定性，使生態學的競爭、共生、再生和自生原理得到充分的體現。

水體生態修復工作在我國才剛起步，尚未建立一套完善的設計規范和評估標準。目前對生態治理的理解比較浮淺，甚至片面。有人認為種一些水生植物、投入一些微生物或放養部份水生動物或是增加幾處園林水景等就是水域的生態治理，這些雖是生態修復的內容之一，但不是生態修復的目標。生態修復的總目標是可持續發展。水域可持續發展內涵包括：經濟的持續增長、資源的永續利用、方法的正確合理、人與自然的調諧、生物間和諧共生、水體活力的維系。

　　⑴調諧好水體中食物鏈（網）各環節間的比量關系，使水體中的物質流、能量流不至于在某環節上中斷或積累，以至造成生態阻滯。

　　⑵根據某一水體的生態承載能力，通過生態工程的治理使營養物質的輸入小于輸出，并逐漸達到平衡。

　　⑶在生態學原理指導下，充分發揮生態系統本身的自組織作用和自我恢復功能，使水體進入良性循環，最終達到人與自然和諧相處，人口、資源、環境協調發展。